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Conformément au pacte germano soviétique d’aout 1939, les soviétiques obtiennent la libre circulation dans les 3 Etats Baltes (Estonie, Lettonie et Lituanie), car ils craignent que l’armée allemande s’approche de Leningrad en cas d’attaque nazie (qui aura lieu en juin 1941).
Les Estoniens autorisent l’établissement de bases navales, aériennes et militaires soviétiques sur deux îles estoniennes et au port de Paldiski suite à un accord signé le 28 septembre 1939. La Lettonie suit le 5 octobre 1939 et la Lituanie peu après, le 10 octobre 1939. Les accords permettent à l’Union soviétique d’établir des bases militaires sur le territoire des États baltes pendant la durée de la guerre européenne et de stationner 25 000 soldats soviétiques en Estonie, 30 000 en Lettonie et 20 000 en Lituanie à partir d’octobre 1939. Les germano-baltes doivent quitter ces pays pour s’installer dans des territoires contrôlés par le Reich (Gouvernement General de Pologne principalement)
Suite à différents incidents mi juin 40, Molotov accuse les États baltes de conspiration contre l’Union soviétique et lance un ultimatum à tous les pays baltes pour l’établissement de gouvernements approuvés par les Soviétiques, sous la menace d’une invasion. Le 15 juin, l’URSS envahit la Lituanie, et le 16 l’Estonie et la Lettonie. Les 14 et 15 juillet, des élections truquées ont lieu, et le 21 juillet, les 3 « parlements populaires » élus demandent l’adhésion de leurs pays respectifs à l’Union Soviétique, qui a lieu le 3 aout (Lituanie), le 5 (Lettonie) et le 6 aout (Estonie). La soviétisation et la répression peut alors commencer, jusqu’à l’invasion allemande de juin 41. Environ 50 000 baltes sont déportés le 15 juin 1941. L’annexion soviétique n’est pas reconnue par de nombreux pays occidentaux, et des gouvernements en exil perdurent jusqu’en 1991. Fin juin 41, les troupes nazies entrent dans les 3 « anciens » pays baltes. Le 1er septembre 1941, le Reichskommissariat OSTLAND est créé, avec Riga comme capitale. Après sa dissolution, le 10 novembre 44, les zones non encore conquises par les soviétiques passent sous administration militaire allemande).
Ces trois états utiliseront donc leurs propres timbres jusqu’en 1940, puis les timbres soviétiques, puis les timbres d’occupation allemande (timbres « locaux » puis timbres OSTLAND, puis à nouveau les timbres soviétiques jusqu’en 1991.
Puis une deuxième occupation soviétique commence (entre 1944 et 1991). Pendant quelques années, les « Frères de la forêt » continuent la lutte contre les soviétiques.